La Leyenda más conocida, en la que interviene Fray Luis de Bolaños.
Aunque son muchísimas las leyendas que tratan sobre el origen del lago, esta es quizás la única conocida por muchos.
Según esta leyenda, alrededor del año 1603, una tremenda sequía azotó la zona que hoy día corresponde al lago y sus alrededores. Los pobladores contaban con un único manantial de agua para abastecerse.
Un día, llego al manantial (que por su gran valor dadas las circunstancias, estaba custodiado por varios centinelas) una madre con su hija a pedir un poco de agua para la niña. Ante la negativa de los guardias, la criatura pereció y la madre maldijo el lugar.
Inmediatamente a la maldición, un torrente de agua comenzó a fluir arrasando con toda la población. Los pueblos de la rivera, desesperados, pidieron entonces la intervención de Dios por medio del franciscano Fray Luis de Bolaños. quien conjuró la catástrofe, parando las aguas y conformándose de esta manera el Lago que más tarde llevaría el nombre de “Ypacarai”.
Se cuenta asimismo, que en el nuevo lago, se encontró flotando un nicho de cuero con la imagen de la Virgen María (por el indio José), que es la imagen que posteriormente se llevó a caacupé y que hasta hoy es venerada por todos los paraguayos.
La imagen de la Virgen de la Aparecida, en la cima de la escalinata, fue realizada en memoria de los supuestos hechos a los que esta leyenda se refiere.
El nombre de Ypacarai que más tarde adoptará el lago y tomando en cuenta esta leyenda, podría significar: “agua completamente conjurada, bendecida: Ipá-Karaí”, o bien “basta de agua señor: “Y-pa-karai”.